大掌门2的主线剧情由多个大章节组成，每个大章节包含若干小关卡，具体章节总数未明确公开，但根据游戏设计规律，主线章节会随着玩家等级提升逐步解锁。主线章节的推进与掌门等级、弟子培养、资源分配密切相关，玩家需通过挑战普通小兵、精英守卫和Boss关卡逐步解锁后续内容。主线章节的挑战次数有限制，普通小兵每日免费挑战99次，精英守卫10次，Boss5次，每次挑战消耗5点体力，失败不消耗体力。
主线章节的星级评定分为三星完胜、二星胜利和一星险胜，分别对应不同战斗表现。三星完胜需在指定回合内胜利且无弟子阵亡，二星允许1名弟子阵亡，一星则对阵亡弟子数量无限制。星级累计可解锁章节内的宝箱奖励，首通Boss还能获得武林通鉴断篇等特殊奖励。主线章节的进度会影响先手值，这是决定战斗顺序的关键属性，因此推进主线是提升整体实力的重要途径。
主线章节的挑战效率与战斗特权相关。掌门等级达到6级可开启2倍速战斗，12级解锁3倍速，14级可跳过已通关章节的战斗，31级则能跳过未通关章节的战斗。这些特权能显著节省时间，但需注意资源分配，尤其是体力管理。主线章节的掉落奖励包括掌门经验、弟子经验、装备碎片和弟子魂魄等，越往后的章节产出资源价值越高。
主线章节的难度曲线较为平缓，但部分章节如第75章对阵容搭配要求较高。推荐使用沈倾城、十一郎等弟子应对高难度关卡，其技能机制能有效克制敌方高攻击特性。主线章节的探索需结合支线任务和日常活动，例如江湖游离、五行试炼等，这些玩法能补充资源缺口，为主线推进提供支持。
主线章节的剧情围绕江湖纷争展开，玩家需通过不断挑战解锁新地图和玩法。社交互动如加入公会对主线推进有辅助作用，公会活动能提供额外资源。主线章节的设计注重策略性，玩家需根据弟子特性调整阵型，合理运用技能释放时机，同时关注装备强化和弟子突破等养成要素，才能高效通关。
